蛋白序列分析軟件包ANTHEPROT 4.3是位于法國的蛋白質生物與化學研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時間開發出的蛋白質研究軟件包。軟件包包括了蛋白質研究領域所包括的大多數內容，功能非常強大。應用此軟件包，使用個人電腦， 便能進行各種蛋白序列分析與特性預測。感謝軟件的編寫者，他們將此軟件包免費提供給此領域的同行使用，這對于我國的科學技術人員來說，實在是一件好事。因 為一個功能再多再好的專業應用軟件，如果作為商業軟件進行銷售的話，往往使大多數需要使用此軟件的科技人員因為科研經費的問題，無緣使用，這點在我國尤為 突出。
軟件分為三個版本，分別用于Unix系統，DOS系統與WINDOWS95或98系統，讓我以用于WINDOWS系統的版本為例，介紹一下這個軟件的基本用法。
軟件包為一個自解壓執行文件，文件名Anthe4_3c.exe，大小為1.9兆。執行此文件，輸入解壓后存放的目錄名，便可將所有文件解壓在此目錄下。主程序名為Anthewin，在桌面上建立它的快捷圖標，雙擊快捷圖標便打開了ANTHEPROT 4.3主窗口。
通過主程序，我們可以載入蛋白序列，對序列進行編輯、打印、拷貝、改變設定等操作，更重要的是，我們可以在此調用各種所需的分析工具，對蛋白序列進行分析。
一． 序列編輯功能
    ANTHEPROT 4.3的主窗口便是其序列編輯窗口：
    可以使用按鍵或菜單中的File/Open命令打開各種序列文件，程序識別的文件類型包括：
單序列文件格式：*.SEQ，（ANTHEPROT 3.3支持以下格式的單序列文件：DNA/Strider 格式、EMBL格式、NBRF格式、Pearson/Fasta格式、PIR 格式與IG/Stanford格式);
    含有多個蛋白序列的蛋白數據庫文件：*.BAS，(以Pearson/Fasta格式添加序列，上限為30條序列或32K文件大小);
    ClustalV 或ClustalW 文件：*.ALN 含有ClustalW格式的多隊列；
含有多隊列的Multalin 4.1格式文件：*.MUL；
在Prosite 蛋白數據庫中查尋出Site結果的文件：*.SIT，
蛋白質原子空間結構的PDB格式文件：*.PDB；
使用IBCP（服務器預測蛋白二級結構所獲得的結果文件格式：*.CNS；

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